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Lun, Jul

El grupo interdisciplinario, liderado por las investigadoras y docentes de la FCEIA Elizabeth Tapia y Pilar Bulacio, desarrolló una tecnología de punta que logra secuenciar en masa muestras clínicas de pacientes infectados con Covid-19 para obtener información útil del genoma del virus, fundamental para el avance de las terapias contra esta enfermedad.   

Este desarrollo dio origen a argenTAG, una empresa integrada por miembros de la FCEIA y CONICET a través del financiamiento de la aceleradora de proyectos científico tecnológico Gridex.

argenTAG comenzó formalmente a funcionar en mayo del 2020. El desarrollo tecnológico se enmarca en la secuenciación genómica de lectura larga y comprende una nueva tecnología de marcado molecular de muestras para su trazabilidad en el proceso de secuenciación. Para el caso de Covid-19, permite el análisis genómico de gran cantidad de muestras clínicas de pacientes en un simultáneo, de manera rápida y con un bajo costo.

Argentag interior nota

“Hacer un proyecto multidisciplinar requiere de las miradas y los aportes de las diversas áreas, tanto de la Ingeniería Electrónica, como de la Informática pura, como de la Biología molecular” indica la Dra. Pilar Bulacio haciendo referencia al gran equipo de profesionales de distintas disciplinas que trabajaron de forma sinérgica e hicieron posible los excelentes resultados de la tecnología de punta desarrollada.

El camino recorrido

Las doctoras Elizabeth Tapia y Pilar Bulacio son egresadas de Ingeniería Electrónica de la FCEIA. Ambas, en distintos momentos, realizaron sus estudios doctorales en la Universidad Politécnica de Madrid. En el año 2008 sus tiempos coincidieron en el CIFASIS (CONICET-UNR) en el área de Bioinformática creada por Elizabeth Tapia. “En ese momento vimos un problema que estaba asomando: que en algún momento la información genómica iba a ser información tal cual eran y se manejan los bits. Y si iba a ser así, muchos métodos que eran aplicables a los bits iban a ser aplicables a la informaron genómica y muchos de los problemas que habías observado para los bits iban a replicarse y de forma más compleja, para la información genómica. Apostamos por ese camino” señala Tapia.

Pilar Bulacio agrega “Siempre con Elizabeth tuvimos un punto en común para avanzar que es formar recursos humanos de alto nivel, y a partir de allí empezamos a constituir un grupo, que realmente fue sinérgico. Dentro de esa formación llegó Joaquín Ezpeleta que también es Ingeniero Electrónico egresado y docente de la FCEIA, que había empezado un proyecto con Elizabeth en Agroinformática y después se interesó por el área de Bioinformática. También se dio la llegada de una investigadora visitante que se unió al grupo, la Dra. Flavia Krsticevich, que tenía experiencia en secuenciación de lectura larga y nos contó sobre sus características, nos enseñó mucho de Biología y así, llevamos adelante juntos muchos proyectos internacionales”.

“La tesis doctoral de Joaquín Ezpeleta, que está pronta a ser defendida, fue un trabajo maravilloso y clave para el desarrollo de la tecnología. Fue la oportunidad para incursionar en un punto abierto en las tecnologías de secuenciación de lectura larga que era cómo preservar marcas, identidades de muestras, tras un proceso ruidoso: secuenciación de lectura larga” explica Bulacio.

El Laboratorio de Bioinformática logró, en el año 2016, desarrollar una tecnología de punta que consistió en un método sistemático para el diseño de la secuenciación genómica que se puede usar como código de barra de ADN. A partir de esta solución, empezaron a llevar adelabte el trámite de patentamiento con CONICET y UNR. “El patentamiento es muy caro, lleva muchas etapas y llegamos a una instancia en que, para seguir avanzando en el patentamiento de la tecnología, una condición era crear una Empresa de Base Tecnológica que se haga cargo de los costos” señala Bulacio.

Un salto fundamental

“Nosotros trabajamos en laboratorio en seco, hacemos electrónica e informática, es decir, que no hay nada líquido. Todo es simulación y publicación de papers. Sabíamos que lo que hacíamos servía, pero había que probarlo, dar un paso más, tomar la decisión de se trasladase a algo real. El salto fundamental que dimos fue pasar a un laboratorio” explica Tapia y agrega que para avanzar en el patentamiento y en el plan de negocios había que demostrar que la tecnología era viable y tangible. Con ese objetivo, en marzo de 2017 viajaron a Brasil a trabajar full time en el laboratorio del Instituto Nacional del Cáncer para tratar de verificar que la tecnología servía en la práctica. “Finalmente se terminó de hacer la secuenciación y probar nuestra tecnología en equipos llamados MinION de secuenciación genómica y en lugar de poner de a una las muestras, las identificábamos con nuestras marcas, se agregaban todas en simultáneo, se secuenciaban todas juntas, y después separábamos las lecturas según las marcas adjuntas. Esa es nuestra tecnología” explica Bulacio.

“Se probó que eso se podía hacer para 30 muestras clínicas de pacientes infectados con Virus de Chikungunya. Trasladado, 3 años más tarde, el trabajo de secuenciación se realiza con muestras clínicas de pacientes infectados con Covid-19. Eso es lo que estamos haciendo ahora” cuenta Tapia.

2020: el Covid-19 acelera los tiempos

En febrero de 2020 la aceleradora Gridex les informa a las investigadoras que habían sido preseleccionadas para recibir financiamiento. En ese momento, ya se estaba expandiendo el Covid-19 en el mundo, pero aún no había llegado a Argentina. “Haber hecho el trabajo en el laboratorio brasilero con virus de Chicungunya, fue importantísimo. Fue hacer un match y reemplazar el virus, porque la tecnología servía. Se alinearon los planetas” indica Tapia y cuenta que el 10 de abril de 2020 volvieron a exponer ante el grupo inversor y contaron con el aporte de Leandro Ciappina, quien desarrolló el impacto de la tecnología a nivel de negocio.

“En ese momento en Rosario aún no había casos de Covid-19, entonces una de las preguntas que nos hicieron fue sobre cómo íbamos a conseguir las muestras, para lo cual, ya habíamos hablado con la Dra. Adriana Giri, del IBR, no sólo por las muestras sino para el análisis biológico de los resultados. Así se constituyó un Proyecto COFECYT que sumó también a la Dra. Silvana Spinelli (IDICER y Ciencias Médicas), la Dra. Sofía Lavista Llanos (MaxPlanck) y al equipo de las Dras. Silvia Arranz y Vanina Villanova del Laboratorio Mixto de Biología Molecular del Acuario, con quienes ya teníamos proyectos de colaboración previos. Además, se generó un acuerdo con Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y SIDA (INBIRS). Facultad de Medicina (UBA), y con el CEMAR, que ya tenían muestras” relata Tapia.

“Afortunadamente desde Gridex nos llamaron y nos dijeron que nos iban a dar la inversión y empezamos a trabajar de inmediato. Nos adelantaron fondos porque el Covid requería trabajo urgente. El 2 de mayo de 2020 arrancamos formalmente con argenTAG” cuenta Tapia.

Secuenciación en escala

“En el laboratorio se hicieron análisis de 12 secuencias en paralelo, y fuimos escalando, después hicimos 48 y ahora vamos por 96. Esas secuencias se subieron a la Base de Datos internacional GISAID de todos los genomas de Covid 19” cuenta Tapia y Bulacio agrega “A partir de las 12 muestras que secuenciamos primeramente y analizamos, nos contactamos con el Proyecto País, cuyo objetivo es secuenciar 1000 genomas, para ver como podíamos colaborar y llegamos al acuerdo de secuenciar de a 96, de una sola corrida. La idea es aportar al proyecto no sólo una cantidad de muestras sino una tecnología, de modo tal que posibilite la representación de cada uno de los puntos geográficos del país, para dar una imagen de las distintas variantes de Covid 19 que puede haber en Argentina”.

Al respecto del presente y el futuro de la empresa y la investigación, Tapia indica “Hoy es Covid, si viene otra ola hay que saber cómo es la nueva versión del virus, esta vez nos va a agarrar mejor preparados porque ya tenemos la tecnología ajustada, cualquier otro que venga, ya podemos hacerlo. De lo que estamos hablando es de leer   ADN en forma descentralizada y económica, y todo colapsa en ADN: es un gran embudo en donde toda forma de vida es ADN. Si vos sabes leer y sabes leer mucho, podes leer mucho de cada cosa. Eso es lo que hacemos. Hay muchos proyectos interesantes para seguir adelante”.

Desde el grado a la empresa

Para lograr nuestros objetivos fue fundamental haber recibido una excelente formación en Ingeniería” señala Tapia y agrega “La formación que nos dio la FCEIA fue importantísima, primero para que hagamos un doctorado y para que después no le tengamos miedo a nada. Nosotros creamos una empresa, pero no dejamos nuestra parte académica, de ciencia y docencia. Es sinérgico”.

“El camino recorrido fue de rosas, porque por un lado estaban las flores pero por otro lado, las espinas, pero realmente se alcanzaron resultados que solo en nuestro país se pueden alcanzar porque por un lado, tenes la gente que quiere trabajar, que quiere hacer algo innovador, que está ahí tratando de progresar y que necesitan que le des el ámbito y la oportunidad” señala Pilar Bulacio y Elizabeth Tapia agrega “Cuando vos queres hacer ciencia en grande, algo que sea para muchos, tenes que unirte con otros: diversas miradas, diversos análisis, diversos aportes”.

Equipo de investigación

Proyecto COFECYT (Directores de equipos)

Adriana Giri

Silvana Sipinelli

Elizabeth Tapia

Sofía Lavista Llanos

Silvia Arranz

argenTAG

Elizabeth Tapia

Pilar Bulacio

Leandro Ciappina

Joaquín Ezpeleta

Ignacio García Labari